同時期に刊行された『岩波講座日本の思想』がテーマ別の編集に行ったのに対し、このシリーズでは古代から近代までの各巻プラス方法論の巻という、オーソドックスな編集方法をとった。考古学・美術史・文学など隣接分野の成果を積極的に取り入れながら、日本思想研究の今日の水準を示すものとなるよう努めた。